Сконвертировать, например, файлы *.flac в MP3 можно следующей командой:
ffmpeg -i input.flac -ab 320k -map_metadata 0 -id3v2_version 3 output.mp3
Здесь можно задать битрейт файла результата параметром -ab.
Пакетная конвертация
Linux хорош тем, что можно набросать скрипт на вообще любые хотелки. Например, вот так можно переконвертить все файлы *.flac в каталоге:
find . -name "*.flac" -exec ffmpeg -i {} -ab 320k -map_metadata 0 -id3v2_version 3 {}.mp3 \;
В результате в этом же каталоге будут сложены файлы *.mp3.
Потом их, конечно, можно удалить: rm *.flac.
Я для себя накидал простенький скриптик:
#!/bin/bash
find . -name "*.flac" -exec ffmpeg -i {} -ab 320k -map_metadata 0 -id3v2_version 3 {}.mp3 \;
rm *.flac
И запускаю его, когда надо пакетно сконвертить какой-нибудь альбом, чтобы закинуть его на флешку и воткнуть в магнитофон.