Не знаю, как вы, а я никогда не пользовался графическим обновлятором системы ни в одном из дистрибутивов, которыми пользовался за последние 16 с чем-то лет. Зачем, если можно запустить терминал и одной командой обновить систему, посмотрев на процесс, так сказать, воочию, и убедиться, что все прошло нормально?
В Fedora, в которой в качестве DE идет Gnome 3й версии, автоматическое обновление системы стартует сразу при запуске, после чего через некоторое время выдает уведомление о том, что есть новые обновления, которые можно установить.
Отключить данный функционал можно командой:
sudo gsettings set org.gnome.software allow-updates false