При создании готовой Activity с нижней панелью навигации можно заметить, что фрагмент располагается немного не так, как того хотелось бы. А именно: он имеет отступ сверху и перекрывается снизу самой навигационной панелью.
Пофиксить это можно следующим образом: высота навигационной панели (BottomNavigationView) по дефолту равняется 56dp, что соответствует стандарту Material Design. Стало быть, нужно приподнять фрагмент над нижней частью экрана так, чтобы он был на границе навигационной панели. Для этого нужно задать ему параметр:
android:layout_marginBottom="56dp"