К сожалению, IDEA (как и Android Studio, построенная на ее базе) не умеет принудительно переиндексировать проект. Сделать это можно только удалив весь кеш и перезапустив приложение. Для этого нужно пойти в меню Files и выбрать пункт Invalidate Caches. После перезапуска запустится индексация всего, что есть в проекте, и не только.