Java не может удалить каталог, если он не пуст, поэтому нужно пройтись рекурсивно по всему сожержимому:
public boolean deleteAllQRCodes(File path) {
if (path.isDirectory()) {
for (File f : path.listFiles()) {
if (f.isDirectory()) deleteAllQRCodes(f);
else f.delete();
}
}
path.delete();
return true;
}