Уменьшить размер, занимаемый журналами journalctl, можно следующим образом:

journalctl --vacuum-time=7d

Эта команда задаст время хранения журнала в 7 дней. Также можно задать максимальный выделяемый объем диска для хранения журнала:

journalctl --vacuum-size=600M