Java не может удалить каталог, если он не пуст, поэтому нужно пройтись рекурсивно по всему сожержимому:

public boolean deleteAllQRCodes(File path) {
    if (path.isDirectory()) {
        for (File f : path.listFiles()) {
            if (f.isDirectory()) deleteAllQRCodes(f);
                else f.delete();
        }
    }
    path.delete();
    return true;
}