Скопировать файлы на удаленный сервер по SSH можно с помощью команды scp. Для рекурсивного копирования всего содержимого каталога достаточно выполнить следующую команду:

scp -r path/* USERNAME@SERVER.ru:path/to_files/

Принцип прост: Откуда -> Куда.

Не забывайте, что по SSH работает привычный автокомплит, и каталоги удаленного сервера можно не набирать вручную, а заполнять с помощью Tab.